本作的舞臺是私立學(xué)院學(xué)員高等部，主人公是對謎題十分著迷并自信逢謎必破的高一學(xué)生大門。有一天，他受到學(xué)生會長邀請，同青梅竹馬少女野葉一起前往學(xué)校附近的遺跡解“不能解開之謎”，原來這是一個由神秘智能集團(tuán)制造出的能危機(jī)人類生命的“賢者之謎”。可是熱愛解謎的大門硬要作出挑戰(zhàn)，在得到某件“物件”之后，大門即被點(diǎn)名成為所謂的“解答者”。從此，他就與野葉和其他充滿個性的解答者一起挑戰(zhàn)潛藏于世界各地的“賢者之謎”。
