在1999年，一艘外星宇宙戰艦墜落到了地球，人們用了了十年的時間修復并取名為"MACROSS"。2009年，MACROSS要塞正在舉辦一場偶像歌星林明美（飯島真理配音）的演唱會，突然空襲警報響起，要塞開始了變形。戰斗中，一條輝（長谷有洋配音）駕駛著變形戰斗救下一名少女，戰機卻由于速度過快撞進外層艙室。安定后，輝發現救得是林明美。倆人相識后，為使明美高興，輝偷開教練機帶著明美去兜風。敵人趁機出現，好在朋友這時挺身相救，經過一場混戰，輝和早瀨未沙（土井美加配音）醒過來，發現在一個荒蕪的星球上。他們了解到，五十萬年前，一個叫"普羅多"的古代文明發展到頂盛時，已經可以借遺傳密碼無性繁殖后代，于是國家分裂為由男性組成的"杰特拉帝"和由女性組成的"赫而特蘭帝"開始了長達數萬年的戰爭。在戰爭中文明急劇衰退了，曾經偉大的文化被遺忘殆盡，退化成了只會戰斗的種族，為了維護和平，他們將會采取怎樣的行動……《超時空要塞》是1982至83年間播出的一部電視動畫，本片在其基礎上精簡改編而成。